El inmunodiagnóstico generalmente es complementario al diagnóstico clínico y microbiológico, pero en ciertos casos como enfermedades virales o autoinmunes es la única clave con la que se cuenta para establecer un diagnóstico. Algunas de estas pruebas solo se realizan en laboratorios de referencia que deben ser identificados en cada zona del país. Para la detección de anticuerpos usualmente se necesitan sueros pareados de la fase aguda y convaleciente, por lo cual es útil guardar muestras en las primeras tomas de sangre, sobre todo si el paciente va a ser transfundido. En el paciente pediátrico las pruebas intradérmicas para micosis sistémicas son poco sensibles y hacen difícil la posterior interpretación de las pruebas serológicas para detección de antígenos. Estas pruebas serológicas para micosis sistémicas son de ayuda si son negativas, pero un resultado positivo debe ser interpretado con cuidado, ya que las reacciones cruzadas son frecuentes. Las pruebas de fijación de complemento y precipitación son fuertemente positivas en PCM y se hacen negativas con la curación. En histoplasmosis la prueba de fijación de complemento para las formas levaduras es demostrable a las 2-3 semanas de enfermedad , con una alta sensibilidad para títulos mayores de 1:16. La contrainmunoelectroforesis es altamente sensible y específica para leishmaniasis visceral y se hace negativa con la curación. La prueba de Widal es positiva solo en el 50% de los casos de fiebre tifoidea y es difícil de interpretar en pacientes que provienen de zonas endémicas. La prueba cutánea es de ayuda en EAG. Investigue a los pacientes con sindrome monoucleósico "monotest negativo" con IgM/IgG anticápside viral y antígeno temprano para VEB, IgM antitoxoplasma y/o IgM/IgG CMV. Los anticuerpos antinucleares (AAN) son positivos en aproximadamente 50% de los pacientes con ARJ. Un título elevado de AAN junto con los criterios clínicos apropiados es diagnóstico para LES.