El pacientes gravemente enfermos o que se deteriora rápidamente debe recibir tratamiento presuntivo para sepsis con antimicrobianos de amplio espectro que cubran los patógenos mas probables para la edad del paciente, factores de riesgo o sospecha clínica. Puede ser necesario administrar tratamiento presuntivo para TBC y micosis sistémicas una vez tomadas las muestras apropiadas, mientras se llega al diagnóstico definitivo.